Selbst

Новое (временное?) оружие против супербактерий

Свежий интересный TED от биофизика Дэвида Бреннера.

Когда в 40-х начали применять пенициллин, он действовал эффективно. Прошло полвека, естественный отбор сделал свое дело, HGT ему помог, и многие бактерии адаптировали молекулярные механизмы репликации. Теперь этим супербактериям (superbugs) плевать на пенициллин. По той же причине новые антибиотики также весьма быстро становятся неэффективными.

В общем, если продолжать медикаментозную линию к проблеме супербагов, то будет все хуже и хуже, и все мы умрем. В лучшем случае - по оценкам к середине века число смертей, связанных с супербаг-инфекциями, увеличится примерно до 10 млн. в год (что больше, чем текущие цифры для онкосмертей).

Бреннер и компания решили подойти к проблеме физически, а не медикаментозно. Известно, что ультрафиолет эффективно убивает бактерии и вирусы. Им стерилизуют операционные и т.п. Но только в отсутствие людей. Ультрафиолет, увы, опасен и для нас - меланома, катаракта и прочие прелести. Но вот оказалось, что есть свет в конце тоннеля, и свет этот имеет длину волны 207 нм. То есть такое вот монохроматическое излучение, именно на этой длине, может оказаться новым оружием. Причем дешевым.

Механизм состоит в том, что на этой длине излучение сильно поглощается белками, и проникновение в биоматериал составляет всего 0.3 мкм, что меньше толщины рогового слоя из мертвых клеток на коже млекопитающих и толщины глазных роговиц. В то же время, большинство бактерий и вирусов имеют размер менее 1 мкм, и для них излучение 207 нм так же губительно, как и любой другой ультрафиолет. Если расставить 207-нм излучатели в школах, магазинах, аэропортах, транспорте и т.п., то супербактериям пришел суперконец.

Причем исследования уже на конечной стадии - эффективность доказана на 100%, фокус сейчас на долгосрочной безопасности. Уже вроде бы даже улаживают с FDA (госконтроль) и собираются расставлять в Штатах и Японии. Технические детали можно найти в статье Бреннера и Co.

Но вот подумалось - физика физикой, но что мешает отбору обойти, в принципе, и это оружие? Можно представить серию мутаций, в результате которых супербактерии облепятся шубой из суперпоглощающего протеина. Придется опять перестраиваться на другую волну...
Selbst

Unpaywall vs. Sci-Hub

Для любителей почитать научные статьи (если кто еще не в курсе). Обращаю внимание на Unpaywall, расширение для Chrome и Firefox, помогающее быстро получить доступ к PDF-файлу статьи. Нет, это не аналог Sci-Hub, здесь все легально. Работает так. Когда на сайте журнала открываете страничку статьи, расширение проверяет, существует ли эта статья (в каком-либо ее виде) в открытом доступе. Например, оригинальная статья могла быть опубликована в мега-журнале типа PLOS One, или же в стандартном журнале по модели Golden Open Access (когда авторы платят издательству за то, чтобы статья была всегда доступна всем читателям). Тогда зеленая кнопка справа откроет оригинальную статью. Если же оригинальная статья находится за paywall-ом, но ее авторы воспользовались возможностью Green Open Access (aka self-archiving), то зеленая кнопка откроет соответствующий препринт, если найдет его в каком-нибудь репозитории (arXiv, bioRxiv, preprints.org и т.п.). Если же нет ни того, ни другого, то звиняйте - кнопка серая. В этом отличие от Sci-Hub. Итак:

* Sci-Hub сработает в 99% случаев, практически для любого издательства/журнала. Unpaywall - зависит от издательства. От 0% до 100%.
* Sci-Hub всегда предоставит PDF журнальной версии статьи. Unpaywall - либо журнальную версию, либо авторский препринт.
* если unpaywall "интеллигентно способствует" свободному доступу, то Sci-Hub сносит все "преграды на пути распространения знаний", при этом беспощадно разделываясь со всякими правами издательств. Elsevier уже развесил плакаты Элбакян Most Wanted, скоро объявит награду за голову "Робин Гуда". Так что чем пользоваться - решайте сами, исходя из своих морально-финансовых соображений.

P.S. Кстати, для Sci-Hub также существует Chrome-расширение, но оно грузится только вручную в Developer mode.
Selbst

О мурашках

Аллан Чумак помер. Великий был человек. В одиночку сумел показать, каких масштабов достигает мракобесие, если ему дать волю - даже в цивилизованном мире. Причем делал это бескорыстно, в отличие от всяких Петриков.

Посмотрев его сеанс в ютубе (надо же - кто-то в те годы записывал), я догадался, в чем его успех. Это же первый ASRM-щик. Мурашко-гонятель, короче. Сейчас в ютубе популярность этой темы стремительно растет, существуют каналы с миллионами подписчиков, которые слушают шелест целлофана, хруст расчесок и прочие шепоты. Чумак (сам, наверное, того не ведая) использовал комбинацию основных ASMR-стимулов - и поглаживания руками, и почмокивания, и посапывания. ASMR-эффектом были известны также уроки рисования от Боба Росса.

Стивен Новелла писал на Нейролоджике про ASMR. "Пример того, как интернет способствует вывести на свет скрытый личный опыт. То, что раньше считалось уникальным ощущением, свойственным только "мне", оказывается, свойственно и многим другим, и ему можно даже дать название".

Говорят, не все люди ASMR-чувствительны. Лично я нередко встречал вкрапления этого эффекта в кинематографе, включая полувековой давности. Но пялиться часами на специально созданные ASMR-видео на ютубе - имхо, пахнет патологией.
Selbst

Лекции по ОТО (Падманабхан)

Изучающим общую теорию относительности, особенно по Ландау-Лифшицу, хочу порекомендовать видеолекции Падманабхана. Видная фигура в ОТО и космологии, один из основных продвиженцев энтропийной гравитации (потенциально революционная штука). Также хорош его учебник Gravitation: Foundations and Frontiers. Как в учебнике, так и в лекциях, следует изложению по Теории поля Ландау-Лифшица: СТО, ковариантная электродинамика, ОТО. Но если Ландафшиц скачет по верхам (пропуская такие "мелочи", как дифференциальные формы и производные Ли), у индуса всё основательно. Приятный южный акцент, возможно, потребует привыкания, но как просечёте, что "ем сыру" - это "эм зироу" (m0), дальше пойдет нормально. Есть также более известные лекции от Сасскинда. Они попроще, и не параллелятся с известными мне учебниками.

Selbst

Мета-критерий

Я видел большинство фильмов Серебренникова. Мне с трудом верится, чтобы человек, снявший эти фильмы, мог заниматься хищением государственных миллионов. Или я в жизни чего-то не понимаю...
Selbst

SETI in vivo: testing the we-are-them hypothesis

Вот. Более основательно, чем в икарусовской статье. И в более профильном журнале (International Journal of Astrobiology).

Архивовский вариант удобнее (кроме того, что он в открытом доступе) - там описание типичных "моментиков" выделено в боксы (в журнальной версии тот же текст, но форматирован монолитно). Например:

- Box 2: Это не Intelligent Design. Хуже того - сама идея хранения небиологической информации в эволюционирующих клетках основана на естественном механизме отрицательного отбора. Увы, это с трудом доходит как до многих ID-сторонников, так и до многих ID-противников.
- Box 4: Даже a priori, biological SETI не более спекулятивен, чем "законное" SETI.
- Box 5: Пожалуй, самый важный. Почему это все - нумерология (или не-нумерология - как хотите).
- Box 11: Почему метод не основан на аргументе к незнанию (a.k.a god of the gaps).

Некоторые вещи, которые были на полуинтуитивном уровне, теперь обоснованы. Например - почему именно нуклоны? Да потому что из всех счетных параметров, характеризующих каноническую двадцатку аминокислот, именно нуклоны наименее вырождены (наибольшая энтропия Шэннона). А потому именно этот параметр оптимален для кодирования, так как с ним наименьшая неопределенность в упорядочении аминокислот.

Кроме того, после икарусовской статьи появились некоторые данные "в копилку", которые мы учли здесь. Например, были открыты планеты, потенциально пригодные для жизни, и которым больше 11 млрд лет. Также было оценено (экспериментально), что глобальное манипулирование кодонами на уровне всего генома может быть вполне так осуществимым в простых организмах (что необходимо для "перезаписи" самого генетического кода).

Статистический тест тоже более обширен, чем в икарусовской статье. Здесь мы учли все основные модели эволюции генетического кода (адаптивная, стереохимическая и метаболическая - во всех комбинациях). Кстати, написанный для этого класс (C++) выложен в открытый доступ, и может использоваться для исследования некоторых других вопросов, связанных с указанными моделями кода.

Еще можно посмотреть некоторые ФАКи, изложенные популярно (хотя и на английском).

А вообще, не думайте - я скептик тот еще.
Selbst

The Spirit of Tengri

У нас тут проходит достаточно масштабный фестиваль этнической музыки The Spirit of Tengri (этно-поп, по большому счету). Вчера весьма порадовали гвинейцы (Sekou Kouyate) и израильтяне (Dudu Tassa & The Kuwaitis). Сегодня японцы Oki Dub Ainu Band обещают быть интересными, может еще кто. Официальные видеозаписи в открытом доступе вроде бы не выкладываются, но сегодня можно смотреть Live-трансляцию здесь (с 14:30 до 20 по московскому).
Selbst

Passengers & Arrival

Passengers (2016)
Приятно впечатлен Пассажирами - на редкость добротная попса
. Если судить с точки зрения реалистичности, то ляпов в фильме достаточно (люди спят в гибернации десятки лет, а все сервисы на корабле активны; сбой питания каким-то образом приводит к остановке вращения корабля и временной потере гравитации;...). Но сюжетная линия просто отлично обыграна, я даже не могу представить другую ситуацию (на необитаемом острове или где-то еще), где подобный ход событий с похожими моральными дилеммами мог бы повториться. Ну и оболочка качественная – дизайн гаджетов и корабля, музыкальное оформление, юморные вкрапления. В русской озвучке потеряно много тонких моментов - в оригинале чего только стоит как нелепо (по понятным причинам) Джим произнес "Hello" при первой встрече с Авророй. В общем - аплодирую.





Arrival (2016)
А вот “реальный сай-фай года” Прибытие еле досмотрел :) Ну как можно делать вид, что выдали нечто прорывное лишь потому, что придумали новые морские знаки? Ну куда банальнее - тут вам и вояки (куда ж без них, когда инопланетяне прилетели), и только двое лучших учОных, без которых вояки, конечно, не смогли догадаться написать слово на табличке, и встречались с пришельцами, чтобы тупо друг на друга поглазеть (пришельцы тоже не догадались начать со своих морских знаков, хотя ради этого прилетели). Уж не говорю про стереотипный облик эйлиенов. Я охотнее поверю в пришельцев в виде розовых пушистых фей, чем в виде серо-зеленых хрюкающих и булькающих скользких тварей. Китайцы неправильно перевели морской знак и испугались, поставив ультиматум пришельцам
(не имея при этом ни малейшего представления об их способностях), чтобы те покинули китайскую землю – что за детсад (Россия и Судан последовали примеру Китая – вы сомневались в этом?). Ну и самая главная “фича” фильма – завязка восприятия времени на нелинейный язык-письмо просто высосана из пальца. Короче, пшик с большооой претензией.
Selbst

Кеплерей, брат Менделея

Тем, кто юзает Mendeley и/или BibTeX - может пригодиться.

Существует множество приложений для организации библиографий и pdf-бибилиотек. Я, например, использую Mendeley. Все эти приложения имеют крутые опции - парсинг pdf-файлов, импорт документов, экспорт ссылок для LaTeX, плагины для оффисных приложений и т.п.

Но ни одно из этих приложений не оптимизировано под эффективный доступ к самим источникам. В том же Менделее, если нужно найти какую-то статью, надо жать Ctrl+F, вбивать слова, ждать, пока он сообразит, да еще окажется, что ничего не найдено, потому что было выделено Recently Added, а не All Documents. В общем - ад для тех, кому приходится постоянно работать с литературой.

Пришлось написать самому. Получился Keplerey. Это приложение заточено под быстрый доступ к менделеевским документам. Указываете ему путь к локальной базе данных Mendeley и путь к директории с документами - и вот вам рай. Не нужно заботиться о фокусе ввода и проч. - просто печатаете нужные термины или имена - и нужные документы появляются на ходу. Даже если у вас тысячи записей - работает молниеносно (да здравствует SQLite).

На самом деле, быстрый доступ к документам - не единственная фича Кеплерея. Также он умеет делать некоторые вещи, которые, по непонятным причинам, в официальном Mendeley Desktop-е все еще не реализованы, хотя народ вымаливает их уже годами. Например - показать документы без тегов. Или даже просто открыть документы на другом компьютере (Менделей не синхронизирует локальные пути файлов!). С Кеплереем можно открывать файлы документов на любом компьютере, куда вы эти файлы скопируете. Из других фич - сканирование директории на наличие файлов, не привязанных к документам (в самом Менделее эта функция работает только при условии, что включен File Organizer), апдейт файлов последними версиями из arxiv.org, копирование файлов, ассоциированных с выбранными документами, в единую папку, и проч.

Так что теперь я использую Менделей только для импорта документов. С самими документами работаю через Кеплерей. Интерфейс минималистический. Работает в Linux и MS Windows. В macOS тоже должен, но не проверял.

А еще Кеплерею вместо базы данных Менделея можно указать BibTeX-файл, причем с настраиваемыми опциями для парсинга. Например, если в .bib-базе указаны локальные пути к файлам документов, то через Кеплерей их можно открывать. Все детали по настройке - в мануале.

В общем, вот: https://sourceforge.net/projects/keplerey
(Linux-пользователям нужно скомпилировать исходный код самим. Для Windows приложение есть в готовом исполняемом виде.)